مؤسسه جغرافیای دانشگاه تهران در سال ۱۳۳۶ به عنوان دومین مؤسسه تحقیقاتی این دانشگاه راه ‌اندازی شد و اساسنامه آن در جلسة مورخ ۲۱/۴/۱۳۴۰ شورای دانشگاه به تصویب رسید.

شادروان دکتر مسعود کیهان اولین رییس مؤسسه بودند و پس از ایشان به ترتیب آقایان مرحوم دکتر احمد مستوفی، مرحوم دکتر ابراهیم جعفرپور، مرحوم دکتر شاپور گودرزی‌نژاد، دکتر رحمت‌ا… فرهودی ، دکتر سید علی بدری و دکتر کرامت اله زیاری ریاست مؤسسه را برعهده‌ داشتند.

در حال حاضر آقای دکتر مهران مقصودی ریاست آن را عهده‌دار می‌باشد.